Там написано почему не надо запускать gui от рута)
Причём вполне доходчиво
Первое, и самое неприятное для простого юзера - изменение прав на его файлы, что приведёт к попаболи
Ну а дальше мелочь в виде запуска непроверенного кода, который имеет полный доступ к системе, и может быть всё что угодно, вплоть до сноса оной из-за маленького бага)
(Консольных приложений это тоже касается, но те, которые поставляются в дистрибутиве, обычно проверены временем)