Вообще простейший способ - писать все файлы в один пакет, как только возникают проблемы (потому что этот пакет начинает не влезать в экран например) смотреть как имеет смысл организовать и организовывать соотвественно. С опытом может прийти интуиция, и можно будет изначально расскладывать. Расскладывать просто ради того чтобы расскладывать - ну хз, бесполезно.
Если говорить про MVC - у меня вообще чаще всего условные M, V, и C лежат в разных модулях. Поэтому особо не нужно ничего расскладывать, но были проекты где модель сотня классов - и там имеет смысл модель по пакетам тоже расскидать. Но кидать один файл - один пакет, ну такое, бесмыссленно