Чем отличается под капотом - не отвечу, так как не достаточно подкован в вопросе. Но как минимум отличается длинной строки запроса.
Но мне кажется что джойн, предназначенный для связывание двух таблиц, должен быть каким то образом оптимизирован для получения большого количества вариантов по сравнению с множественными сабселектами