Когда устанавливаешь проект на новое окружение, нужно выполнить ряд комманд, composer install, migrate —seed, storage:link, npm install, vendor:publsih, cache:config и т.д.
Набор команд может быть для production окружения отличаться от local.
С initializer, ты делаешь просто php artisan app:install
Тоже самое когда переключил ветку на другую или подтянул новые изменения из репозитория, тоже нужно выполнить ряд команд. Здесь в помощь команда php artisan app:update