Это получается вместо 1 бандла нужно будет собрать 3+ минибандлов, по одному на каждый модуль исходников. И каждый из них задеплоить, прописав в них правильно версии и зависимости. Слишком уж сложно получится. Я склоняюсь к такому - в каждом модуле, зависящем от нпм-модулей добавляется package.json с версиями. Когда формируется бандл - все зависимости сливаются и если обнаруживается конфликт версий, то кидается ошибка.