скинкластер это же деформер. после него шейп объекта дублируется, и вычисления всякой фигни происходят между оригинальной формой, и результирующей. Там и могут косяки быть, хотя ес честно, то у меня ни разу ничего такого не было. Но я там все перекрутил в свое время. Отрывал, пришивал, смотрел что как связано. Там нормальное такое поле, для того чтобы что-то некорректно отрабатывало.