После Unite надо взять и выделить только склеившуюся часть — линию с пересечёнными прямоугольниками/фигурами. Её скопировать, отменить склеивание, вставить заюнайченную штуку поверх, а потом мёрджить с оригиналом
если не поможет то, о чем Ярослав сказал выше, попробуй закрыть все артборды и после этого введи значение 0,15 пт, установится по умолчанию. Открывай снова документ. И будет тебе счастье
закрыть все артборды - это как? закрыть все файлы? артборды из файла все не удаляются