С другой стороны если кто-то получил несанкционированный доступ до s3, при шифровании, никаких данных не получит.
отключить на s3 хранилище ssh по паролю, только ключ, только с разрешенного айпи. соединение между некстклаудом и хранилищем строго по https. на сервере с хранилищем только голая ос, ветки stable lts, никаких сторонних репозиториев и бинарников кроме хранилища.