отключить на s3 хранилище ssh по паролю, только ключ, только с разрешенного айпи. соединение между некстклаудом и хранилищем строго по https. на сервере с хранилищем только голая ос, ветки stable lts, никаких сторонних репозиториев и бинарников кроме хранилища.
В общем: выше ли вероятность что кто-то получит несанкционированный доступ к данным или же потеряем ключ / глюканет nextcloud и вообще потеряем данные)