имхо мой подход такой
структура папок - по фичам, users/, auth/, posts/, etc
дальше делим на слои - апишные контроллеры, бизнес логика в сервисах/юзкейсах, работа с бд в репозиториях или через орм
это недавно обсуждалось в этом же чате, вроде как единого стандарта нет, каждый делает как хочет
Хотя тот же nest.js форсит использовать определенную структуру, но там все равно есть еще свобода разработчика некоторая