Никогда не проектировал, но если бы проектировал, то делал бы это в paint
Вопрос всё таки не где, а как. Есть теория проектирования информационных ситсем, есть унифицированый язык моделирования, но кроме институтовских лекций пока ничего не нашёл в гугле по этим темам.