Погоди, ядро само контролирует доступ к физической памяти, например. Из под винды оно либо работает через эмулятор с соответствующими накладными расходами, либо симулируется. Как можно запустить полноценное ядро из под другого ядра?
И на винде докер работал именно как виртуалка через гипервизор, с соответствующими накладными расходами. А на линуксе там виртуализация отдельных кусков юзерспейка, а не новый инстанс виртуальной операционной системы на каждый контейнер.