(возможно я не в тему, но) На какое-то время перестала делать кросс-минусовку в Директе, в итоге семантическое соответствие запросов к объявлениям пошло к чёрту. Как сделала кросс-минусовку - всё стало пучком )
В директе вы как льёте? ключи в точных тс и в широких тс? вот широкие могут пересекаться. Точные не должны пересекаться, ну никак. К ключу "купить трусы" в точном тс никак не должен добавиться хвост "москва".
В Гугле - с точным ТС такая же история, оно хвосты не тянет. А вот что касается фразового (вернее ранее мод широкого) - тут могут пересекаться. На практике по общим ВЧ ключам эти пересечения можно быстро исключить той же ставкой. (Ключи с хвостами - сч и нч получают ставку выше чем Вч ключ более общий)
В такой модели пересечения будут только в случае аномалий. Когда каким-то образом более хреновый ключ по релевантности (ВЧ)(он же и более короткий) почему-то побеждает по рейтингу (качеству) у ключе с длинным хвостом из уточнений.