И тут проблема в том, что с текущим подходом pandoc принципиально никогда не сможет обработать 100% TeX-документов. Всегда будут такие, с которыми он не работает, даже если ты тыщу человекочасов потратишь на реализацию поддержки каждого пакета, существующего на CTAN.