Если хотите, чтобы компонент не отображался в БОМе, то в свойствах компонента можно поправить TYPE, выбрав то, что подходит лучше.
Можно сделать на уровне либы, если это какой-нибудь механический компонент например, или элемент конструкции платы (печатная антенна например), или можете сделать это лишь для одного компонента на схеме, если это единичная нужда.