массив вложенных объектов это и есть "отдельная коллекция", 2=3. Вполне удобно думаю будет, только надо схему создать и по ней валидировать, прежде чем добавлять новый объект туда. Связь с самим юзером будет по { userId: "abc123" }, userId === _id в монговой коллекции users, если у тебя такая уже есть