EP
const strings = '~ игнор ~ тожеигнор удалить1 удалить2'
const newString = strings.replace(/???/g, '')
// newString должно быть равно "~ игнор ~ тожеигнор"
console.log('~ игнор ~ тожеигнор удалить1 удалить2 ~ игнор ~ тожеигнор удалить1 удалить2'.replace(/(~ [\wА-я]+)|([\wА-я ]+)/g, '$1 '))
Пробел лишний в конце(((, но думаю не страшно