Баги: если найдено до релиза, он заводится под задачей, к которой относится. Если после релиза, то баг первого уровня. Если можно установить связь, то related to к породившей сущности.
Я предпочитаю, чтобы все баги доработки были в трекере, потому что сложно следить по трекеру, по чату, по письму, по положению облаков на неб. Плюс, расползается оценка трудощатрат на фичу: заполнено 5, а по факту 6, и час ушел на исправление багов "на словах". Плюс, к каждому чиху прикреплён коммит, и если найдена ошибка, можно по истории посмотреть, что к чему. А если баг будет "на словах", то без коммита, или коммит в другом месте.