Спасибо

Доброе утро! Коллеги, кто-нибудь имел дело с функцией

Surv

, которая используется для построения кривых Каплана-Майера (выживаемости).

Вопрос такой: Имею данные формата

hour alive        lab
 0     0 1_16 - CSE
12     5 1_16 - CSE
24     6 1_16 - CSE
36     9 1_16 - CSE
48    12 1_16 - CSE
60    25 1_16 - CSE
72    25 1_16 - CSE
84    30 1_16 - CSE

где первая колонка - это время, в котором проводилось измерение, вторая - число погибших экспериментальных животных, а третья - генотип.

Вопрос - как мне эти данные загнать в

Surv

- обьект? Если я делаю вот так:

Surv(time = tmp$hour, event = tmp$alive)

то  получаю предупреждение, и обьект, забитый NA

В Surv(time = tmp$hour, event = tmp$alive) :
  Invalid status value, converted to NA

Гугл не помог(
Сможете подсказать? Большое спасибо!

Я пользовался survminer, мои данные были по одному объекту.

Если брать ваш пример:
Было 30 записей. По каждой записи есть время наблюдения hour и исход outcome. 1 - сдохли, 0 - цензурированы.

У вас как бы агрегированные данные, я даже не знаю, умеет ли surv с ними работать.

Могу посоветовать преоьразовать ваш датасет, чтобы в нем были наблюдения по каждому объекту.

Условно говоря, одна строка - одно животное, колонка 1 - время, а вторая - 1/0 как выжил/помер, правильно понимаю?

Да, все верно

Ой, не совсем

Вы неправильно пользуетесь функцией surv, плюс к этому у вас данные уже агрегированы

Surv

hour alive        lab
 0     0 1_16 - CSE
12     5 1_16 - CSE
24     6 1_16 - CSE
36     9 1_16 - CSE
48    12 1_16 - CSE
60    25 1_16 - CSE
72    25 1_16 - CSE
84    30 1_16 - CSE

Surv

Surv(time = tmp$hour, event = tmp$alive)

В Surv(time = tmp$hour, event = tmp$alive) :
  Invalid status value, converted to NA

в документации четко сказанно что грузить в event

The status indicator, normally 0=alive, 1=dead. Other choices are T/F (TRUE = death) or 1/2 (2=death). For interval censored data, the status indicator is 0=right censored, 1= event at time, 2=left censored, 3=interval censored. 

https://www.rdocumentation.org/packages/survival/versions/2.11-4/topics/Surv

Колонка два - это outcome. Т.е. если животное сдохло через 2 часа, то hour = 2, outcome =1. Если эксперимент длился сутки и животное выжили, то hour=24, outcome=0, что соответствует цензурированию (т.е. событие не наступило).

Спасибо большое!

Приведенный кусок данных не в таком формате

Так я же написал, что нужно преобразовать :)

Тут 1/0 наоборот.
Я для себя нашел мнемоническое правило:

На графике наступление события (в вашем случае смерть) отображается скачком линии, а цензурирование - крестиками/кружочками.

При заполнении переменной outcome можно представить, что должно быть на графике. Если вертикальный скачок, то outcome =1 - как раз напоминает линию на графике. в противном случае 0.

Подскажите, пожалуйста, у кого-нибудь есть полная версия the big book of dashboards?
https://cdn1.ozone.ru/s3/multimedia-h/6005844617.pdf

В pdf не видел. Mobi или epub есть.

О, спасибо!

дорогие, а на какие пакеты смотреть, если я хочу соединять/резать видео? Я что-то ничего не могу найти ни на гитхабе, ни в гугле... Искал по ключевым словам FFmpeg, video

ffmpeg via system()