Борута считает важность фичей почти по-честному (немного не дотягивает до честного shaply value) , строя случайный лес, оэтому когда фичей много (больше сотни), она может не успеть все просчитать, тогда конечно линейка с l1 будет лучше. Но если нет надежды что данные линейные, то быстрота лассо регрессии будет вам без толку. Я бы все равно использовал боруту, просто последовательно выкидывая самые не важные фичи и запуская ее по новой на увеличивающимся наборе данных