Телеграмм чат группы rlang

2020 August 25

ВК

Владимир Калинин... in R (язык программирования)

:D

источник

12:07пожаловаться #1

Ю

Юрий 🐙💻🤖📊📈🚬... in R (язык программирования)

EK479

Здравствуйте не так давно тут кидaли книгу по глубокому обучению на R.
Там такой код (загрузка рукописных записей):

library(keras)
mnist <- dataset_mnist()

При попытке запуска такого кода получаю следующее
Ошибка: Python module tensorflow.keras was not found.

Detected Python configuration:

python: C:/Miniconda/python.exe
libpython: C:/Miniconda/python37.dll
pythonhome: C:/Miniconda
version: 3.7.4 (default, Aug 9 2019, 18:34:13) [MSC v.1915 64 bit (AMD64)]
Architecture: 64bit
numpy: [NOT FOUND]
tensorflow: [NOT FOUND]
Подскажите, пожалуйста, как это исправить

Сначала выполните установку как это описано в параграфе
3.2.2

источник

12:10пожаловаться #2

АК

Артём Клевцов... in R (язык программирования)

EK479

Здравствуйте не так давно тут кидaли книгу по глубокому обучению на R.
Там такой код (загрузка рукописных записей):

library(keras)
mnist <- dataset_mnist()

При попытке запуска такого кода получаю следующее
Ошибка: Python module tensorflow.keras was not found.

Detected Python configuration:

python: C:/Miniconda/python.exe
libpython: C:/Miniconda/python37.dll
pythonhome: C:/Miniconda
version: 3.7.4 (default, Aug 9 2019, 18:34:13) [MSC v.1915 64 bit (AMD64)]
Architecture: 64bit
numpy: [NOT FOUND]
tensorflow: [NOT FOUND]
Подскажите, пожалуйста, как это исправить

install_keras()?

источник

12:10пожаловаться #3

AB

Alexey Burnakov in R (язык программирования)

EK479

Здравствуйте не так давно тут кидaли книгу по глубокому обучению на R.
Там такой код (загрузка рукописных записей):

library(keras)
mnist <- dataset_mnist()

При попытке запуска такого кода получаю следующее
Ошибка: Python module tensorflow.keras was not found.

Detected Python configuration:

python: C:/Miniconda/python.exe
libpython: C:/Miniconda/python37.dll
pythonhome: C:/Miniconda
version: 3.7.4 (default, Aug 9 2019, 18:34:13) [MSC v.1915 64 bit (AMD64)]
Architecture: 64bit
numpy: [NOT FOUND]
tensorflow: [NOT FOUND]
Подскажите, пожалуйста, как это исправить

2 причины могут быть. Как написал Артем, install_keras() забыли вызвать. Или, если не забыли, R использует не ту версию (не то вирт.окружение) Python для попытки работать с Keras. Дальше зависит что забыли или не забыли...

источник

12:37пожаловаться #4

AA

A.K. A.K. in R (язык программирования)

Ещё Python должен быть установлен

источник

12:40пожаловаться #5

AB

Alexey Burnakov in R (язык программирования)

A.K. A.K.

Ещё Python должен быть установлен

по логам видно, что используется питон из окружения Конда, но там нет tensorflow.

источник

12:40пожаловаться #6

2020 August 26

👁

👁 in R (язык программирования)

расскажите про опыт работы с данными, которые не помещаются в оперативную память, какие-нибудь более быстрые варианты чем разбитие на маленькие части?

источник

01:09пожаловаться #7

a

aGricolaMZ in R (язык программирования)

А Вы точно прочитали правила чата?

источник

01:17пожаловаться #8

l

lp in R (язык программирования)

всем привет, вопрос косвенно касается R - прошу не ругать, может быть кому то тоже будет интересно

присутствуют ли здесь специалисты по supervised learning? а именно - интересует методы оценки эффективности ассессоров

можно ткнуть в статьи, учебники - пригодится все

источник

02:00пожаловаться #9

В

Виктор in R (язык программирования)

👁

расскажите про опыт работы с данными, которые не помещаются в оперативную память, какие-нибудь более быстрые варианты чем разбитие на маленькие части?

больше оперативной памяти

источник

08:18пожаловаться #10

АК

Артём Клевцов... in R (язык программирования)

👁

расскажите про опыт работы с данными, которые не помещаются в оперативную память, какие-нибудь более быстрые варианты чем разбитие на маленькие части?

В гугл по ключевым словам R + disk.frame/ff/bigmemory/spark/h2o/DBI.

источник

08:20пожаловаться #11

Ю

Юрий 🐙💻🤖📊📈🚬... in R (язык программирования)

Артём Клевцов

В гугл по ключевым словам R + disk.frame/ff/bigmemory/spark/h2o/DBI.

Надо так :) https://bit.ly/2EqVglk

Gik-Team

R disk.frame ff bigmemory spark h2o DBI | Давай я поищу в Google вместо тебя

Давай я поищу в Google вместо тебя. Этот сайт создан для людей, которые считают, что лучше побеспокоить вас своими вопросами, нежели самим поискать ответ в Google. Давай я поищу в Гугл вместо тебя; Давай я поищу в Гугл за тебя; Давай я поищу в Google за тебя

источник

08:24пожаловаться #12

EP

Ed P in R (язык программирования)

Всем привет! Возник небольшой вопрос по анализу выживаемости в подгруппах (аналогично графику).

https://www.nejm.org/na101/home/literatum/publisher/mms/journals/content/nejm/2013/nejm_2013.368.issue-13/nejmoa1301228/20130322/images/img_xlarge/nejmoa1301228_f2.jpeg

Я разобрался, как сделать похожий forest plot с текстом и т.п. Вопросы скорее по статистике:
1. Правильно ли я понимаю, что для каждой подгруппы (давайте для примера возьмем возраст и пол) нужно сделать сабсет и сравнить терапии?

У меня Overall модель для всех пациентов такого типа:

coxph(Surv(TIME, EVENT) ~ group, data =  df)

Cоответственно, для каждой категории каждой подгруппы модель остается та же, но датасет сабсетится по-разному:

coxph(Surv(TIME, EVENT) ~ group, data =  df[df["Sex"] == "M" ])
coxph(Surv(TIME, EVENT) ~ group, data =  df[df["Sex"] == "F" ])

и т.д.

источник

10:59пожаловаться #13

EP

Ed P in R (язык программирования)

2. Что такое P value for interaction?

Правильно ли я понимаю, что мне нужно построить модели такого типа:

Call:
coxph(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ group * Age_cat, data = df)

И тогда какой pvalue отвечает за interaction?

coef exp(coef) se(coef)      z     p
group2              0.3483    1.4167   0.2250  1.548 0.122
Age_cat>=45        -0.3811    0.6831   0.3239 -1.177 0.239
group2:Age_cat>=45  0.3912    1.4788   0.3852  1.016 0.310

Likelihood ratio test=8.93  on 3 df, p=0.03026
n= xxx, number of events= xxx 
   (X observations deleted due to missingness)

Нужно смотреть строку group2:Age_cat>=45 ?

источник

11:05пожаловаться #14

EK

Eugene Kasatkin in R (язык программирования)

Доброе утро!
в пакете rfacebook кто-нибудь сталкивался с такой ошибкой?

источник

11:31пожаловаться #15

PU

Philipp Upravitelev in R (язык программирования)

Eugene Kasatkin

Доброе утро!
в пакете rfacebook кто-нибудь сталкивался с такой ошибкой?

кажется, у вас не подключен какой-то пакет или скрипт с своими функциями

источник

11:50пожаловаться #16

PD

Pavel Demin in R (язык программирования)

Eugene Kasatkin

Доброе утро!
в пакете rfacebook кто-нибудь сталкивался с такой ошибкой?

я этим пакетом не пользовался, но может нужен purrr::map(), а purrr не установлен?

источник

11:51пожаловаться #17

EK

Eugene Kasatkin in R (язык программирования)

Pavel Demin

я этим пакетом не пользовался, но может нужен purrr::map(), а purrr не установлен?

не был установлен
установил и все заработало
Спасибо!)

источник

11:53пожаловаться #18

A

Andrey in R (язык программирования)

Ed P

2. Что такое P value for interaction?

Правильно ли я понимаю, что мне нужно построить модели такого типа:

Call:
coxph(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ group * Age_cat, data = df)

И тогда какой pvalue отвечает за interaction?

coef exp(coef) se(coef)      z     p
group2              0.3483    1.4167   0.2250  1.548 0.122
Age_cat>=45        -0.3811    0.6831   0.3239 -1.177 0.239
group2:Age_cat>=45  0.3912    1.4788   0.3852  1.016 0.310

Likelihood ratio test=8.93  on 3 df, p=0.03026
n= xxx, number of events= xxx 
   (X observations deleted due to missingness)

Нужно смотреть строку group2:Age_cat>=45 ?

Последнее р-значение вроде как. Отличаются ли эффекты фактора (группы) в подгруппах

источник

12:34пожаловаться #19

A

Andrey in R (язык программирования)

Ed P

Всем привет! Возник небольшой вопрос по анализу выживаемости в подгруппах (аналогично графику).

https://www.nejm.org/na101/home/literatum/publisher/mms/journals/content/nejm/2013/nejm_2013.368.issue-13/nejmoa1301228/20130322/images/img_xlarge/nejmoa1301228_f2.jpeg

Я разобрался, как сделать похожий forest plot с текстом и т.п. Вопросы скорее по статистике:
1. Правильно ли я понимаю, что для каждой подгруппы (давайте для примера возьмем возраст и пол) нужно сделать сабсет и сравнить терапии?

У меня Overall модель для всех пациентов такого типа:

coxph(Surv(TIME, EVENT) ~ group, data =  df)

Cоответственно, для каждой категории каждой подгруппы модель остается та же, но датасет сабсетится по-разному:

coxph(Surv(TIME, EVENT) ~ group, data =  df[df["Sex"] == "M" ])
coxph(Surv(TIME, EVENT) ~ group, data =  df[df["Sex"] == "F" ])

и т.д.

Так можно получить все нужные результаты, кроме interaction p-value

источник

12:36пожаловаться #20