Size: a a a

R (язык программирования)

2020 October 28

PU

Philipp Upravitelev in R (язык программирования)
я очень люблю dt, но вот этот self join, конечно, всегда меня убивал
и я убей не знаю, как, например, его кому-то рассказывать. те же студенты у меня с большим трудом .SD-то понимают (настолько большим, что я перестал рассказывать про это)
источник

PU

Philipp Upravitelev in R (язык программирования)
Alexander Semenov
Это в КХ или кривых руках разрабов проблема?
на мой взгляд, что это проблема в разрабах и настройках бд
источник

EP

Ed P in R (язык программирования)
Евгений Томилов
Дамы и господа, помогите найти, пожалуйста. Я хочу рассчитать мощность для теста пропорций non-inferiority при условии, что у меня отношение групп не 1:1, а 0.93.
А в чем смысл такой странной аллокации для non-inferiority?
источник

EP

Ed P in R (язык программирования)
Евгений Томилов
Дамы и господа, помогите найти, пожалуйста. Я хочу рассчитать мощность для теста пропорций non-inferiority при условии, что у меня отношение групп не 1:1, а 0.93.
В пакете gsDesign есть функция nBinomial, которая поддерживает настройку ratio и delta для биномиального распределения. Как раз что требуется для расчета non-inferiority и неравных выборок.

Сам пакет gsDesign нужен для group-sequential design с промежуточными анализами и соответствующими поправками. Но это делается в два шага: сначала считается "обычная" выборка и потом ее размер корректируется в зависимости от промежуточных анализов. Как я понял из документации, nBinomial как раз первый шаг делает.
источник

ЕТ

Евгений Томилов... in R (язык программирования)
Ed P
А в чем смысл такой странной аллокации для non-inferiority?
Спасибо сборщикам данных.
источник

AS

Alexander Semenov in R (язык программирования)
Philipp Upravitelev
на мой взгляд, что это проблема в разрабах и настройках бд
Ага. Мне тут умелый человек переписал запрос так, что он годичные данные за пару секунд посчитал.
источник

PU

Philipp Upravitelev in R (язык программирования)
и так бывает
источник

EP

Ed P in R (язык программирования)
Евгений Томилов
Дамы и господа, помогите найти, пожалуйста. Я хочу рассчитать мощность для теста пропорций non-inferiority при условии, что у меня отношение групп не 1:1, а 0.93.
Вот еще есть онлайн калькулятор для перепроверки: http://powerandsamplesize.com/Calculators/Compare-2-Proportions/2-Sample-Non-Inferiority-or-Superiority

Но он как-то кривова-то сделан и на сайте выводит результат только при первой загрузке страницы. если что-то поменять, то размер Nb не обновляется. Надо в R код ниже запускать.
источник

ЕТ

Евгений Томилов... in R (язык программирования)
Ed P
Вот еще есть онлайн калькулятор для перепроверки: http://powerandsamplesize.com/Calculators/Compare-2-Proportions/2-Sample-Non-Inferiority-or-Superiority

Но он как-то кривова-то сделан и на сайте выводит результат только при первой загрузке страницы. если что-то поменять, то размер Nb не обновляется. Надо в R код ниже запускать.
А, я его использовал, да.
источник

AS

Alexander Semenov in R (язык программирования)
Philipp Upravitelev
я очень люблю dt, но вот этот self join, конечно, всегда меня убивал
и я убей не знаю, как, например, его кому-то рассказывать. те же студенты у меня с большим трудом .SD-то понимают (настолько большим, что я перестал рассказывать про это)
Я даже не буду в очередной раз заводить песнь про data.table и (гуманитарных) студентов.
источник

PU

Philipp Upravitelev in R (язык программирования)
Alexander Semenov
Я даже не буду в очередной раз заводить песнь про data.table и (гуманитарных) студентов.
и не говори. подумай лучше о том, что вот ты уже начинаешь ворчать на непостоянство функций
а как будет студентам, когда они еще толком что-то не освоили, а оно в них плюется красным предупреждением или просто не работает?
в отличие от dt, где все операции делаются по одним и тем же рельсам все годы, а операции фильтрации, группировки и манипуляций над колонками делаются в строго однозначных местах, также как и мерджи.

ну и вообще. имхо, не бывает гуманитарных студентов. бывают умные/мотивированные и глупые/немотивированные. первый прекрасно все усваивают, последним что угодно не зайдет.
источник

EP

Ed P in R (язык программирования)
Евгений Томилов
Спасибо сборщикам данных.
Не совсем понял. В non-inferiority исследуемая терапия сравнивается с активным контролем. При этом, насколько я помню, размер выборки будет минимальным для аллокации 1:1. Какой смысл брать неравную выборку, если общий размер будет больше?

Неравные выборки могут обосновываться этическими соображениями. Н-р при сравнении с плацебо в дизайне superiority можно сделать аллокацию 2:1 в пользу исследуемого препарата. В таком случае минимизуется число пациентов, получающих заведомо невыгодную терапию.
источник

ЕТ

Евгений Томилов... in R (язык программирования)
Ed P
Не совсем понял. В non-inferiority исследуемая терапия сравнивается с активным контролем. При этом, насколько я помню, размер выборки будет минимальным для аллокации 1:1. Какой смысл брать неравную выборку, если общий размер будет больше?

Неравные выборки могут обосновываться этическими соображениями. Н-р при сравнении с плацебо в дизайне superiority можно сделать аллокацию 2:1 в пользу исследуемого препарата. В таком случае минимизуется число пациентов, получающих заведомо невыгодную терапию.
Данные люди не забили, не прислали нам нормально, в результате неравное соотношение получается.
источник

ЕТ

Евгений Томилов... in R (язык программирования)
Нет смысла, это специальный квест, чтобы биостатистик страдал.
источник

EP

Ed P in R (язык программирования)
Евгений Томилов
Данные люди не забили, не прислали нам нормально, в результате неравное соотношение получается.
А, т.е. нужно апостериорную мощность посчитать уже по результатам проведенного исследования?
источник

ЕТ

Евгений Томилов... in R (язык программирования)
Ed P
А, т.е. нужно апостериорную мощность посчитать уже по результатам проведенного исследования?
Да.
источник

a

aGricolaMZ in R (язык программирования)
Alexander Semenov
Я даже не буду в очередной раз заводить песнь про data.table и (гуманитарных) студентов.
Бррр... А что не так с гуманитарными студентами?

Стереотип уровня девочек и математики/программирования
источник

EP

Ed P in R (язык программирования)
ну тогда gsDesing, функция nBinomial. Я ее только что потыкал - она выдает похожие результаты, что и онлайн каклькулятор (только общую выборку, а не Nb).

Обычно У powerandsamplesize лучше сделано, этот какой-то откровенно неинтуитивный, если не сказать говёный.
источник

ЕТ

Евгений Томилов... in R (язык программирования)
Ed P
ну тогда gsDesing, функция nBinomial. Я ее только что потыкал - она выдает похожие результаты, что и онлайн каклькулятор (только общую выборку, а не Nb).

Обычно У powerandsamplesize лучше сделано, этот какой-то откровенно неинтуитивный, если не сказать говёный.
Спасибо!
источник

AS

Alexander Semenov in R (язык программирования)
Philipp Upravitelev
и не говори. подумай лучше о том, что вот ты уже начинаешь ворчать на непостоянство функций
а как будет студентам, когда они еще толком что-то не освоили, а оно в них плюется красным предупреждением или просто не работает?
в отличие от dt, где все операции делаются по одним и тем же рельсам все годы, а операции фильтрации, группировки и манипуляций над колонками делаются в строго однозначных местах, также как и мерджи.

ну и вообще. имхо, не бывает гуманитарных студентов. бывают умные/мотивированные и глупые/немотивированные. первый прекрасно все усваивают, последним что угодно не зайдет.
Людям, входящим в андан, сначала нужно усвоить, что 90% работы -- это чтение файла, фильтрация колонок, преобразование колонок, группировка и вычисление над этими группами. С tidyverse это сделать проще, т.к. данные операции называются чуть ли не теми же словами.

И уже потом можно начинать задумываться над оптимизацией, эффективностью и вот этим всем.

Учить азам андана через data.table -- это всё равно что требовать от младенца, чтобы он сначала побежал а уже потом пошёл.
источник