EP
http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GenVisR/inst/doc/Intro.html
GenVisR attempts to maintain a high degree of flexibility while leveraging the abilities of ggplot2
Я почти на 100% уверен, что можно либо графики пакета подкрутить, либо вытащить из графиков результаты ваших кластеризаций и придумать новую визуализацию.