для этого есть куча решений вроде модулей, голема, упаковки приложения в пакеты и т.п.
Шайни можно вообще как полноценное средство для software development рассматривать, не только как тулзу для визуализации.
И, соответственно, для более сложных задач нужна более высокая квалификация. Если вы пишете "монолит" в двух R-овских файлах, то конечно будет тяжело. Мне попадался забавный Шайни проект какого-то бразильского университета. Над этим проектом работала группа студентов в разные годы. Все приложение - это два гигантских R-файла примерно на 5к и 10к строк. Вот таким способом точно не надо делать :))))