в таких случаях, запускают систему в режиме "опытной эксплуатации" ;) И работают. Аттестация нужна при переводе в промышленную. Это не руководство к действию, а просто общие рассуждения :)
на самом деле, у нас примерно такая же ситуация - ГИС, к которой подключаются госорганы. управлять ИБ на рабочих местах госорганов у нас руки коротки; у госорганов нет денег; по законодательству, выполнять свои функции они должны в этой ГИС. тут приходится искать компромиссы. ну и ответственность возлагать на госорганы за выполнение требований и принятие необходимых и достаточных мер..