Есть плюсы и минусы, исключение человеческого фактора - плюс, малая степень кастомизации - минус. Та же кодогенерация логики противоаварийных защит с использованием SIMATIC safety matrix я рассматриваю как огромное преимущество
про кастомизацию - зря вы так, генерится исходный код, потом с ним что угодно делать можно... обычно если что-то свое запилить надо, то проще сгенерить его конструктором и на его базе уже внести изменения