Файловая система изолируется и условно говоря биндмаунтится внутрь контейнера. Так же удаление файлов внутри контейнера затроне только его. Если вы не делаете каких-то вещей типа маунтов с хостовой системы, то всё должно быть нормально(ну не учитывая баги в ядре которые я упомянул выше)