Фичи какие-то специальные для MariaDB используете? В любом случае описывайте как вызываете xtrabackup, точные версии его и MariaDB, шлите баг и прикладывайте полные MariaDB error log, xtrabackup output к нему.
вызов самый простой innobackupex —defaults-file=/etc/xtrabackup.cnf —parallel=64 —slave-info —no-backup-locks PATH текущая версия percona-xtrabackup-22 (так что наврал, не 2.1) все что выше - роняет железки на данный момент MariaDB-server-10.1.32, но и на 10.0 было
он может покрошиться в драйвере диска и соответственно ничего не записать, еще где-то что заблокирует возмодность записи. Может быть бага в прошивках hp-ных контроллеров и еще миллион вариантов