Как по мне, удобным было бы навыбирать остановок по маршруту, редактор сам подбросит кратчайший маршрут через них, а ты, если нужно, исправляешь за ним. После этого все прежние участники из отношения выкидываются.
Ручная правка отношений в жосме и id - вот гиблое дело.
гиблое-не гиблое, а именно так в основном всё и отрисовано. дело не в редакторе, а в редакторах, их не хватает(