Как по мне, удобным было бы навыбирать остановок по маршруту, редактор сам подбросит кратчайший маршрут через них, а ты, если нужно, исправляешь за ним. После этого все прежние участники из отношения выкидываются.
Ручная правка отношений в жосме и id - вот гиблое дело.
О, я бы возможно даже расчехлил лапки с таким редактором