Есть такая вещь. Но тут проблемы уже на стороне разработчиков приложений. Тот же Jetbrains официально вообще Flatpak не поддерживает: лишь Snap и AppImage. Вполне возможно запокавать IDE во Flatpak
Нюанс в том, что снапов есть два вида - "обычные" и "классические". Обычные похожи на флатпаки в том смысле, что они работают в собственном окружении и независимы от хост-системы. А классические - это скорее appimage на стероидах, они работают в окружении хост-системы и, на самом деле, не независимы от дистрибутива (как и appimage).
Так вот, продукты JetBrains (как и, вероятно, все снапы с IDE) - "классические". Можно в этом убедиться по опции --classic
, которую предлагается использовать для установки.