AZ
Спасибо, мне надо 177934 последовательности)
упси
Size: a a a
2019 September 20
AZ
а как ты это делаешь?
O
Спасибо, мне надо 177934 последовательности)
Эммм... это именно последовательности, а не риды? Оо
O
И их прям все надо выравнивать друг с другом?
V
Спасибо, мне надо 177934 последовательности)
7 не лишняя?
AB
а как ты это делаешь?
Пока никак, я редко делаю выравнивания. В голове есть всякие клусталы и маслы.
AB
Эммм... это именно последовательности, а не риды? Оо
Это датабаза. И я щас проверила, ее в выровненном виде нетути.
AB
7 не лишняя?
Нет( То есть я ее отфильтрую как-то конечно, но не на порядок
AZ
Это датабаза. И я щас проверила, ее в выровненном виде нетути.
ну.... у меня для тебя плохие новости... в лоб это плохо работает (ну или я таки не нагуглил более адекватного решения. если найдешь - поделись плз).
вот типа 40к у меня на 40 ядрах шло что-то в районе недели.
вот типа 40к у меня на 40 ядрах шло что-то в районе недели.
MR
Я бы уточнил задачу.
AZ
а тебе там прям все 180к нужны? или там таки есть повторы? и тебе важна общаяя структура базы и несколько конкретных последовательностей?
AZ
Я бы уточнил задачу.
++
AB
Печаль =D Пойду куплю печенек сисадмину, чтобы пустил на царь-машину)
AB
А, впрочем я знаю как сделать жизнь легче. Мне же выравнивания по группам нужны. Спасибо, вы навели меня на способ сократить количество на порядок.
AZ
А, впрочем я знаю как сделать жизнь легче. Мне же выравнивания по группам нужны. Спасибо, вы навели меня на способ сократить количество на порядок.
вот можно еще этой приблудой предварительно обработать - http://weizhongli-lab.org/cd-hit/ она прям огненно быстро кластеризует.
MR
У нас тут недавно была задача кластеризации ~100k вирусов, vsearch работал тысячу лет (cd-hit, по идее, столько же). В итоге @Lepidobatrachus_laevis сотворил некоторую магию на min hash.
AB
Я бы уточнил задачу.
Ты не знаешь, как сильва достигла своего выравнивания? Там же огромная база 16С
AB
вот можно еще этой приблудой предварительно обработать - http://weizhongli-lab.org/cd-hit/ она прям огненно быстро кластеризует.
Выглядит очень полезно, спасибо
DA
У нас тут недавно была задача кластеризации ~100k вирусов, vsearch работал тысячу лет (cd-hit, по идее, столько же). В итоге @Lepidobatrachus_laevis сотворил некоторую магию на min hash.
нене, там не про выравнивания было.
MR
Ну и тут, я подозреваю, не про выравнивание. На 177k у тебя так всё гэпами обрастёт, что никакого сигнала не останется.