В рейтинге участвует:

групп:

каналов:

Виртуальный сервер на SSD - недорого!

Аренда выделенных и виртуальных серверов (VDS/VPS), хостинг, аренда IP-адресов, администрирование, круглосуточная поддержка

qwarta.ru подробнее

Резервное копирование с проверкой на вирусы!!!

Удобный сервис создания резервных копий на любой сервер сети интернет. Отслеживайте изменения, проверяйте на вирусы. Надежно защитите свой бизнес!

go.backupland.com

Выбираете сервер? Любая конфигурация на заказ!

Аренда физических серверов любых конфигураций под любые запросы - 1С бухгалтерия, игровые сервера, нагруженные проекты, интернет-магазины!

qwarta.ru подробнее

Size: a a a

Science FYI

2037 membersпожаловаться на группу
2020 June 26

MU

Maria Uzun in Science FYI
Вопрос к метагеномщикам.
Пытаюсь из своих данных получить бин бактериального генома, который очень схож с уже известным геномом. Обычный биннинг не помогает, так как там ещё куча лишнего добра в этот геном наваливается. Можно ли как-то отмэпить по референсу наиболее похожие риды? Типо не 100% схожие, но близко к этому. Если ли такие опции в bowtie или minimap или ещё где-то?
источник
14:55пожаловаться#1

AB

Alex Beliavskaia in Science FYI
Maria Uzun
Вопрос к метагеномщикам.
Пытаюсь из своих данных получить бин бактериального генома, который очень схож с уже известным геномом. Обычный биннинг не помогает, так как там ещё куча лишнего добра в этот геном наваливается. Можно ли как-то отмэпить по референсу наиболее похожие риды? Типо не 100% схожие, но близко к этому. Если ли такие опции в bowtie или minimap или ещё где-то?
А риды длинные или иллюмина?
источник
15:00пожаловаться#2

MU

Maria Uzun in Science FYI
И то и другое есть
источник
15:01пожаловаться#3

А

Айсель in Science FYI
Valeriia Kuzyk
mp4.mp4
(53.79 Кб)
О, монти пайтон
источник
15:06пожаловаться#4

Яс

Я собака in Science FYI
Maria Uzun
Вопрос к метагеномщикам.
Пытаюсь из своих данных получить бин бактериального генома, который очень схож с уже известным геномом. Обычный биннинг не помогает, так как там ещё куча лишнего добра в этот геном наваливается. Можно ли как-то отмэпить по референсу наиболее похожие риды? Типо не 100% схожие, но близко к этому. Если ли такие опции в bowtie или minimap или ещё где-то?
Можете посмотреть пакет bbtools, там есть программа для фильтрации ридов на схожий референс. Не помню подробности, но мб подойдёт
источник
15:07пожаловаться#5

MU

Maria Uzun in Science FYI
Я собака
Можете посмотреть пакет bbtools, там есть программа для фильтрации ридов на схожий референс. Не помню подробности, но мб подойдёт
Спасибо, попробую)
источник
15:07пожаловаться#6

AB

Alex Beliavskaia in Science FYI
Maria Uzun
И то и другое есть
Ну тогда короткие боутаем, длинные минимапом. Я так делала для вытаскивания мх генома по родственному например.
источник
15:27пожаловаться#7

AB

Alex Beliavskaia in Science FYI
Так что вы сами ответили на свой вопрос, мне кажется
источник
15:28пожаловаться#8

MU

Maria Uzun in Science FYI
Alex Beliavskaia
Ну тогда короткие боутаем, длинные минимапом. Я так делала для вытаскивания мх генома по родственному например.
У меня вопрос можно ли "порог" выранивания как-то снизить? Потому что по стандартным параметрам и боутай и минимэп мне очень мало всего  выдали, я точно знаю, что там должно быть больше)
источник
15:31пожаловаться#9

ПМ

Полукровка Мужчины и... in Science FYI
Мб не совсем верно сформулирую вопрос, но
Как происходит гиперметаморфоз? Куколка - > имаго.
Прост на одной страничке в вики написано, что про растворение клеток и "повторный эмбриогенез" - это миф, а на другой - про то, что происходит растворение клеток и что то похожее на эмбриогенез.
источник
15:42пожаловаться#10

PD

Paulina D in Science FYI
Полукровка Мужчины и Женщины
Мб не совсем верно сформулирую вопрос, но
Как происходит гиперметаморфоз? Куколка - > имаго.
Прост на одной страничке в вики написано, что про растворение клеток и "повторный эмбриогенез" - это миф, а на другой - про то, что происходит растворение клеток и что то похожее на эмбриогенез.
https://scholar.google.com/scholar?hl=ru&as_sdt=0%2C5&q=hypermetamorphosis
источник
16:06пожаловаться#11

ПМ

Полукровка Мужчины и... in Science FYI
Paulina D
https://scholar.google.com/scholar?hl=ru&as_sdt=0%2C5&q=hypermetamorphosis
Не горю желанием по публикациям сейчас лазить.
источник
16:07пожаловаться#12

ПМ

Полукровка Мужчины и... in Science FYI
мне относительно популярное бы объяснение
источник
16:08пожаловаться#13

AB

Alex Beliavskaia in Science FYI
Полукровка Мужчины и Женщины
мне относительно популярное бы объяснение
Такое есть в Википедии...
источник
16:20пожаловаться#14

ПМ

Полукровка Мужчины и... in Science FYI
Alex Beliavskaia
Такое есть в Википедии...
там два противоречащих друг другу
источник
16:20пожаловаться#15

AB

Alex Beliavskaia in Science FYI
Полукровка Мужчины и Женщины
там два противоречащих друг другу
читайте английскую если еще не
источник
16:20пожаловаться#16

АС

Александр Смирнов... in Science FYI
Alex Beliavskaia
читайте английскую если еще не
Судя по ответу выше, человеку лень читать и человек хочет получить ответ здесь
источник
16:22пожаловаться#17

AB

Alex Beliavskaia in Science FYI
Maria Uzun
У меня вопрос можно ли "порог" выранивания как-то снизить? Потому что по стандартным параметрам и боутай и минимэп мне очень мало всего  выдали, я точно знаю, что там должно быть больше)
А длинные — это нанопор или пакбио?
источник
16:22пожаловаться#18

MU

Maria Uzun in Science FYI
Alex Beliavskaia
А длинные — это нанопор или пакбио?
Нанопор
источник
16:23пожаловаться#19

AB

Alex Beliavskaia in Science FYI
Maria Uzun
Нанопор
в минимапе вы используете пресет -x map-ont?
источник
16:26пожаловаться#20