Сама не делала, этого, но теоретически - можно попробовать. Там полиакридамидный гель на агарозном буфере (TAE/TBE), он тоже достаточно легкоплавкий, так что набор для выделения должен вполне сработать.
Из акриламида до 100 bp можно просто диффузией - измельчить кусочек с фрагментом и поместить в пробирку с ТЕ на +60 на полчаса-час. Но потери будут не меньше половины. Или электроэлюция, но это дико муторно. Кусок геля в диализный мешок и в форезную ванночку. Главное - сместить кусок геля ближе к аноду, и диализный мешок должен быть с минимальными порами