PD
По GO группам? Первое что приходит в голову
что такое GO группы?
Size: a a a
2020 July 23
AB
Яс
Ребята, есть ли способ из списка генов как-то автоматически выбрать гены с заданными характеристиками? Мб есть скачивабельная база с аннотациями где-то? Допустим, все гены белков с таким-то доменом, все гены белков с сякой-то ролью. Прямо сейчас я хочу отобрать гены белков, которые точняк задействованы в клет-клеточных взаимодействиях.
Можешь скачать базу pfam, там как-то можно скачать последовательности представителей для каждого семейства. Но, понятно, там достаточно ограниченное их число
PD
Можешь скачать базу pfam, там как-то можно скачать последовательности представителей для каждого семейства. Но, понятно, там достаточно ограниченное их число
последовательности -- в смысле, нуклеотидные последовательности?
PD
спосибо
Яс
последовательности -- в смысле, нуклеотидные последовательности?
Не, аминокислотные, конечно
OT
Ребята, есть ли способ из списка генов как-то автоматически выбрать гены с заданными характеристиками? Мб есть скачивабельная база с аннотациями где-то? Допустим, все гены белков с таким-то доменом, все гены белков с сякой-то ролью. Прямо сейчас я хочу отобрать гены белков, которые точняк задействованы в клет-клеточных взаимодействиях.
Хитрые фильтры в Uniprot могут помочь ещё
PD
Хитрые фильтры в Uniprot могут помочь ещё
а есть ли способ в юнипрот загнать весь список генов сразу?)
у меня просто данные по дифференциальной экспрессии из чужого рнк сека, там много генов)) и вот я хочу оттуда выудить интересные мне гены
у меня просто данные по дифференциальной экспрессии из чужого рнк сека, там много генов)) и вот я хочу оттуда выудить интересные мне гены
MF
Ребята, есть ли способ из списка генов как-то автоматически выбрать гены с заданными характеристиками? Мб есть скачивабельная база с аннотациями где-то? Допустим, все гены белков с таким-то доменом, все гены белков с сякой-то ролью. Прямо сейчас я хочу отобрать гены белков, которые точняк задействованы в клет-клеточных взаимодействиях.
не знаю, насколько релевантно, но можно потыкаться в KEGG, например (можно xml скачать)
PD
Не, аминокислотные, конечно
а потом написать предсказатель функции белка по аминокислотной последовательности?)
OT
а есть ли способ в юнипрот загнать весь список генов сразу?)
у меня просто данные по дифференциальной экспрессии из чужого рнк сека, там много генов)) и вот я хочу оттуда выудить интересные мне гены
у меня просто данные по дифференциальной экспрессии из чужого рнк сека, там много генов)) и вот я хочу оттуда выудить интересные мне гены
Если есть список UniprotID , то можно
AB
Яс
а потом написать предсказатель функции белка по аминокислотной последовательности?)
Ладно, я плохо понял, что именно тебе было нужно
PD
Спасибо всем, я буду разбираться во всём, что вы посоветовали)
OT
а есть ли способ в юнипрот загнать весь список генов сразу?)
у меня просто данные по дифференциальной экспрессии из чужого рнк сека, там много генов)) и вот я хочу оттуда выудить интересные мне гены
у меня просто данные по дифференциальной экспрессии из чужого рнк сека, там много генов)) и вот я хочу оттуда выудить интересные мне гены
Вообще есть несколько платформ для анализа обогащенности списков генов, например, Panther. Хотя это немного другая задача.
MF
Ребята, есть ли способ из списка генов как-то автоматически выбрать гены с заданными характеристиками? Мб есть скачивабельная база с аннотациями где-то? Допустим, все гены белков с таким-то доменом, все гены белков с сякой-то ролью. Прямо сейчас я хочу отобрать гены белков, которые точняк задействованы в клет-клеточных взаимодействиях.
вообще звучит так, будто вам нужно сделать pathway enrichment analysis и из результатов отобрать пасвэи, которые вам интересны. в целом можно и самому "сделать" пасвэй (fgsea принимает на вход список named lists, names = pathway names, elements = genes), набрав туда генов, которые, например, выдал grep по нужному запросу, и посмотреть, как он себя ведёт в данных
PD
Maria Firuleva
вообще звучит так, будто вам нужно сделать pathway enrichment analysis и из результатов отобрать пасвэи, которые вам интересны. в целом можно и самому "сделать" пасвэй (fgsea принимает на вход список named lists, names = pathway names, elements = genes), набрав туда генов, которые, например, выдал grep по нужному запросу, и посмотреть, как он себя ведёт в данных
ой, сколько новых слов
MF
PD
Maria Firuleva
вот. если что, пишите)
сделалось понятно, спасибо
V
Ну уж извините. Наэкспркссирвоать и почистить полимеразу занимает неделю. Зато она потом на пару лет на всю лабу
То ,что можно купить - покупается, - прекрасная позиция. Только в России не работает
То ,что можно купить - покупается, - прекрасная позиция. Только в России не работает
а если хочется коммерческую, вроде Q5? Мы, кстати, пытались выгнать свою Vent exo- и почему-то вышла нестабильная хрень, в сравнении с коммерческой от NEB(