Ребята, помогите нубу с командной строкой.
Я краем уха слышала, что хорошей практикой является библиотеки, пакеты, приложения и т.п. организовывать в контейнеры вместо тупой установки всего в корень.
Что гуглить, чтобы быстро научиться эти контейнеры создавать и понять, как их лучше организовать?
для меня самый простой способ —
snakemake +
conda + singularity (для докера на сервере нужен sudo, для singularity нет). для conda сделать yaml файл со всеми нужными прогами и их версиями, в контейнер положить miniconda и дополнительно установить то, чего нет в конде (скорее всего таких программ будет мало, и поэтому заморочек минимум). и просто пускать пайплайн, указывая путь к контейнеру на докерхабе и флажок, чтоб конду юзал. с этим нужно какое-то время, чтобы разобраться, зато потом по красоте будет. по докеру и снейкмейку на степике есть курс, он сложный, но упражнения решить полезно
