Добрый день, если кто то ставил форез на генотипирование, подскажите на сколько миллиампер поставить? Поставил на 90 как обычно, но оно двигается очень медленно
Size: a a a
2020 July 27
AB
Какого размера фрагменты?
Около 300
AB
Тогда можно смело ставить на 120-150. Зависит конечно еще и от размера камеры, буфера и процентажа агарозы. Я предполагаю, что у вас 1Х TAE, 1% агароза и обычного размера камера)
Все так только агароза 1,2
AB
Понял, спасибо большое 😊
AB
Close the gel tank, switch on the power-source and run the gel at 5 V/cm.
For example, if the electrodes are 10 cm apart then run the gel at 50 V. It is fine to run the gel slower than this but do not run any faster. Above 5 V/cm the agarose may heat up and begin to melt with disastrous effects on your gel's resolution. Some people run the gel slowly at first (eg. 2 V/cm for 10 minutes) to allow the DNA to move into the gel slowly and evenly, and then speed up the gel later. This may give better resolution. It is OK to run gels overnight at very low voltages, eg. 0.25–0.5 V/cm, if you want to go home at 11 O'clock already.
For example, if the electrodes are 10 cm apart then run the gel at 50 V. It is fine to run the gel slower than this but do not run any faster. Above 5 V/cm the agarose may heat up and begin to melt with disastrous effects on your gel's resolution. Some people run the gel slowly at first (eg. 2 V/cm for 10 minutes) to allow the DNA to move into the gel slowly and evenly, and then speed up the gel later. This may give better resolution. It is OK to run gels overnight at very low voltages, eg. 0.25–0.5 V/cm, if you want to go home at 11 O'clock already.
VL
Maria Firuleva
для меня самый простой способ — snakemake + conda + singularity (для докера на сервере нужен sudo, для singularity нет). для conda сделать yaml файл со всеми нужными прогами и их версиями, в контейнер положить miniconda и дополнительно установить то, чего нет в конде (скорее всего таких программ будет мало, и поэтому заморочек минимум). и просто пускать пайплайн, указывая путь к контейнеру на докерхабе и флажок, чтоб конду юзал. с этим нужно какое-то время, чтобы разобраться, зато потом по красоте будет. по докеру и снейкмейку на степике есть курс, он сложный, но упражнения решить полезно
что только люди не сделают, лишь бы ебилды не писать...
VL
но да, если это надо из юзерспейса на сервере выполнять, то по-другому может и никак...
PD
но да, если это надо из юзерспейса на сервере выполнять, то по-другому может и никак...
Да, мне надо из юзерспейса на сервере
VL
Да, мне надо из юзерспейса на сервере
тогда, похоже, без контейнеров никак, к сожалению. Остаётся сказать спасибо Марии за подробный рецепт
Y
полностью поддерживаю Snakemake + conda
MF
что только люди не сделают, лишь бы ебилды не писать...
В смысле?
VL
Maria Firuleva
В смысле?
рецепт отличный, мне просто вся идеология контейнеров сильно не нравится. с другой стороны, как я уже написал выше, в случае с сервером деваться некуда
MF
рецепт отличный, мне просто вся идеология контейнеров сильно не нравится. с другой стороны, как я уже написал выше, в случае с сервером деваться некуда
А что не так с контейнерами?
VL
Maria Firuleva
А что не так с контейнерами?
из назойливых мелочей - занимают много места, требуют отдельного внимания при обновления. из серьёзного - их бывает сложно подружить друг с другом. вот есть, допустим, программа для обработки EXAFS. чтоб её поставить, надо собрать один скрипт на фортране, поставить развесистую питонью либу, а потом всё это заставить работать с перловым инсталлятором. Так вот, ставить это всё по контейнерам - работает, но только по отдельности...
VL
или с тем же gwyddion из питона взаимодействовать - нужен только системный
VL
понятно, что это всё частные случаи, но у меня вся практика из вот таких случаев
MF
из назойливых мелочей - занимают много места, требуют отдельного внимания при обновления. из серьёзного - их бывает сложно подружить друг с другом. вот есть, допустим, программа для обработки EXAFS. чтоб её поставить, надо собрать один скрипт на фортране, поставить развесистую питонью либу, а потом всё это заставить работать с перловым инсталлятором. Так вот, ставить это всё по контейнерам - работает, но только по отдельности...
А какая альтернатива? Помимо виртуалок, которые тяжелее