не совсем чтобы вопрос – мне нужно понять, как пользоваться clustal omega / muscle (как дефолтными параметрами – знаю), умея применять правильные параметры

я не понимаю, как проверить "аккуратность" моего алайнмента (кроме визуала в jalview, но и тут мне нужен совет), не знаю, зачем меняют gapextension и maxiters, я уже прочитала тысячу статей, чаптеров в учебнике и лекций, но до сих пор осталась куча вещей, в которых я сомневаюсь

если кто-нибудь сможет со мной связаться  и уделить около получаса – умоляю!

попробуй сперва с дефолтными

как показывает практика - если с дефолтными не работает то данные плохие)

я уже попробовала с дефолтными, попробовала в каждом матриксе, с разными maxiters

ахах
просто у меня задание такое, что нужно как раз таки найти "лучший" сеттинг и обьяснить, почему я его выбрала

gap extension пенальти лучше не менять без остальных (зависит от длины сиквенсов конечно), maxiters тупо число итераций оптимизации, чем больше - тем лучше, но оно на скажем 100 должно выходить на насыщение

проблема в том, что я просто тыкаю, но не совсем понимаю, что от этого меняется
ну начинает blosum80 считать с первой аминокислоты а blosum30 с пятой – но общая картина ведь одинаковая

а надо и комментировать, аргументировать

Тут можно делать жирный шрифт?
Однозначно подозрительно

напиши что ты использовала Occam's razor ^^

Для multiple alignment определен alignment score?

как пример: в учебнике дано, что чем выше левел блосума, тем лучше эта матрица подходит к less divergent proteins (что уже уходит в статистические анализы)

но почему именно в моём случае он лучше, мне придётся обосновывать визуально

упс, нет. это в jalview выявлять?

ахах, честное слово, кажется мой пейпер именно так и закончится

А разница между выравниваниями большая?

нет, небольшая, все секвенсы из одной subfamily
как раз таки что алайнмент очень даже "плотный" получается

Тогда разницы нет, забей

Кстати
PPU начинают новый набор - это пхд программа в инстиуте Пастера. Крайне рекомендую.
https://www.pasteur.fr/en/education/ppu

да, спасибо большое вам за ответы! как минимум, начав обсуждать, для себя поняла лучше, что именно мне требуется

кстати, можно ещё раз спросить, как высчитывать alignment score в кластал/масл? или это через jalview или blastp искать?

Ну бласт точно выдает скор, в кластл - хз, давно не юзал

окей, ещё раз спасибо (: