Как бы ген и вообще все эти термины появились почти за полвека до того, как люди узнали "как оно там на самом деле". Ген собственно и сохранился, потому что имеет немного другую смысловую нагрузку по сравнению с просто куском днк. Экспрессия- слово вообще просто переводится как проявление, соответственно, употребление такое же. Если для вас слова проявление и производство кажутся синонимами, то ок.
ну наконец-то (к последнему предложению). Имхо, в зависимости от бэкграунда- это упрощение даётся легче или сложнее. Я ковыряю от силы GFP в колях, и кассета экспрессии, кодирующая последовательность, белок и признак - достаточно близки друг к другу.
Подозреваю, что если речь идёт о сложных признаках в высших, то там чёрт ногу сломит (поэтому я даже не полез в своё время ><)