Типа запустить релакс несколько раз с нулевой структуры?

МД. Громакс, Амбер, Намд, Дезмонд... Добавить сверху HREX на карман связывания, достичь сходимости по населенности состояний, кластеризовать

Это если вдолгую

Если побыстрее, то методом внимательного взора решить, какие участки кармана наиболее вероятно могут быть подвижными и участвовать в induced fit / conformational selection вашего лиганда/ов. С ними и работать

Но это все равно по сути отдельная научная задача - количественная характеризация пространства конформаций. Не количественную делать на мой взгляд бессмысленно, она сама по себе не публикабельна и лишь инструмент. А так как дело сие долгое, то приятнее иметь и соответствующий выхлоп статьями, если уж браться

Спасибо за подробные комментарии)
Задача как раз стремная и чисто из интереса хочу взяться.
Найти фермент среди кучи кандидатов, так как нет возможности заказать и выделить все белки, попробовать сделать это через моделинг и докинг. А потом заказать парочку лучших вариантов

Звучит как игра в рулетку на довольно большие деньги)

Если делать это быстро и с первым попавшимся тулом. Если речь идет на сотни тысяч р, лучше подзапариться и детально изучить ваш объект со структурно-динамической точки зрения. К тому же если есть современные гпу это даже не супер долго может быть

Ну сервер у нас свой есть, так что считать почти бесплатно, а с рулеткой согласен)

Да, хотел как раз запариться, чтобы увеличить шанс попадания в итоге в правильный белок

Но вы же понимаете, что это проект на фул-тайм на 2-3 года, да?

Ну кандидатов нет так много все-таки 😭😄
Но оно того стоит, думаю

Один таргет вполне может потребовать Н лет, чтобы его достойно изучить. Ферменты хитрые твари

Мы моделировали несколько резистентных мутаций в одном белке (с ко-кристаллизованными лигандами), и я ухлопала на это целого аспиранта

(С тех пор я недолюбливаю МД😆)

Мой любимый пример - Тома Дриан и его 4 года аспы во Франции на то, чтобы выяснить, где есть или нет 2 протона в активном центре. И из-за ограниченности методов толком ответа то и нет

Ну защищусь через полгода, возьму аспирантов и ухлопаю их)

Хех, как про себя читаю, я именно тот аспирант, который моделированием ищет ингибитор, а потом пытается найти этот ингибитор в продаже, кристаллизовать в системе и снять

Или, например, сколько молекул воды участвуют в катализе в Ras. Насколько я понимаю, тоже мнения расходятся))

Уже лет 20 как) А потом еще врывается Немухин и ко и говорят о таутомеризации глутамина

Пожалейте их молодые души)))

Центр исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний и кафедра биофизики приглашают в магистратуру.

Завтра, 1 июля, в 14:00 состоится презентация программ:

Молекулярная биофизика и структурная биология;
Integrated Structural Biology and Genetics (обучение и master’s thesis на англ. языке).

Программы дают широкие теоретические знания и современные экспериментальные навыки, необходимые в структурной, молекулярной биологии, биофизике и биоинформатике, геномике.

Студенты участвуют в российских и международных конференциях, а также в стажировках в лучших исследовательских центрах Европы и США, например, в Юлихском исследовательском центре или Университете Южной Калифорнии. Выпускники продолжают исследовательскую карьеру в 9 лабораториях Центра, а также в МГУ, ИБХ, ОИЯИ, КФУ, НГУ, и в других ведущих научных российских и зарубежных организациях.

Рекомендуем прочитать интервью Сообществу ФОПФ Егора Марьина, который уже закончил магистратуру кафедры биофизики, сейчас учится в аспирантуре и работает в одной из лабораторий Центра, где занимается структурной биологией человеческих мембранных рецепторов: https://vk.com/@dgapmipt-pk-2021-egor-marin.

Сайт Центра: https://cmm-mipt.ru

Ссылка на трансляцию: https://youtu.be/K1IWkxs2ZxM

Есть вопросы? Напишите их в комментариях к посту, и мы ответим на них во время трансляции.

Круто.