А код проходит ревью перед слиянием?

Мой нет, иначе я бы ничего не написал бы

Не всё проходит ревью (скажем пул реквесты от людей которые явно умеют прогать), но всё проходит тесты

А киньте в меня нормальным вариант коллером, только для бактерий, а? Пожалуйста!

И заодно, где принято брать reference strains?

И даст ли мне коллер дополнительные плазмиды или сломается?

(И вообще, не нравится мне этот ваш sequence analysis😆)

Люди, а есть тут кто работавший в или с Planta?

В software development'e эту тему уже 100500 раз разбирали и в принципе понятно, что такое читаемый и что такое поддерживаемый.

Определения могут различаться, но для каждого языка есть как минимум несколько рекомендаций, можно брать любую и придерживаться ее. ну и при необходимости что-то подкручивать.

Я согласен, что вопрос немного абстрактный, но на него есть куча ответов, главное выбрать подходящий :)

Недавно видел твит главы чего-то там в Гугле, она утверждала, что in a decade all sciences will essentially become a branch of computer science, поэтому вопросы о читабельности кода совсем не праздные

Очень сомнительное утверждение. То что везде инструменты из computer science будут использоваться не делает другие направления науки подразделом computer science

Без контекста это утверждение действительно выглядит как спесивый заголовок для рекламы какого-нибудь телеграм-канала, типо "вузы умерли, учись онлайн"

Следуя этой логике, если все перейдут на маки, то все науки станут подразделами apple science

Вот за это я и не люблю компьютер саентистов))

Есть задача заменить в массиве файлов ненужный текст, следующий после специфического заголовка, нужным текстом, который записан прямо в имена файлов. То есть, выражения вида "123:(ненужный текст)" заменяем на "123:имя файла".

Если в баше сделать

for f in *
do echo 123:$f
done

, то в stdout выводятся строки

123:имя файла

, т.е. эхо умеет в такие выражения без проблем. Но если сделать

for f in *
do sed 's/123:[[:alnum:]]*/"echo 123:$f"/g' $f > 's_'$f
done

, то строка "123:(ненужный текст)" заменяется на просто имя файла, а "123:" теряется. Что я делаю не так? Долго гуглил, но что-то так и не нашел ответ. Проблема, видимо, в синтаксисе sed, я разные способы пробовал - выносил "123:" за эхо, ставил кавычки в самых разных сочетаниях, пробовал всякие скобки - все похеру вообще

Попробовал у себя, такая команда сработала:
sed "s/123:[[:alnum:]]*/123:${f}/g"

Такая же не сработала, но сработало поместить 123:${f} в 'одинарные кавычки', спасибо!

Кто-нибудь знает, что называют lineage distance, когда строят метрику на клетках, например ткани? Это расстояние какой-то генетической близости, но как его считают…

Не, доп плазмиды - это только собирать вроде. А так, snippy и у нас кста deepvariant неплохо работал

А кто нить в чатике с car t работает

У меня собранные уже. Мне надо найти разницу с референсом

Много геномов? Если один, то можно и муммером выровнять)