OK
Несколько тысяч каждого вида. Мне советуют minimap2
Size: a a a
2021 August 09
O
Это просто выравниватель. Что потом с бамками делать?
O
Если несколько тысяч - то это что-то про пангеномы, аля panaroo, как @apredeus советовал))
OK
В это вопрос!
A
Коллеги, добрый вечер!
В следующем году заканчиваю бакалавриат по химии. Хотелось бы поспрашивать у старших куда можно нацелиться в магу ))0))00
Интересует всё что связано с фотофизикой, сам занимаюсь синтезом и характеризацией веществ. Оставаться у себя в городе (Екатеринбург) не очень хочется, хотя условия довольно хорошие (коллектив, грант, стипендия)
В следующем году заканчиваю бакалавриат по химии. Хотелось бы поспрашивать у старших куда можно нацелиться в магу ))0))00
Интересует всё что связано с фотофизикой, сам занимаюсь синтезом и характеризацией веществ. Оставаться у себя в городе (Екатеринбург) не очень хочется, хотя условия довольно хорошие (коллектив, грант, стипендия)
OK
Пангеномы тоже, да. Но пока меня интересует сравнение с референсом. Короче, киньте в меня туториалом
O
Это был риторический вопрос))
O
А что понимается под сравнением? Как правило, нет абсолютного референса, и для тысяч сборок такое сравнение больше бессмыслено
OK
Поскольку мы изучаем обычных патогенов и антибиотикорезистентность, меня устроят стандартные нерезистентные референсы, можно даже несколько на вид
O
Скорее какой биологический вопрос? Если гены из резистентных выдернуть, то я б реально взял panaroo или ортомл, потом если мутации, то можно pyseer взять
КО
Россия или нет?
A
В принципе не важно
A
Хотя наверное лучше Россия, а то хз потяну ли по деньгам за бугор ехать
КО
Ну как не важно ? У вас есть желание/ силы/ знания языка
КО
Деньги можно найти как стипендию, было бы желание
OK
Вопрос в том, чтобы выдернуть все варианты (включая плазмиды) и на них посмотреть)
O
Я в целом и написал выше, как это проще всего сделать
OK
Спасибо
VT
А какой вопрос?