На Fedora чистый Python без предустановленных пакетов, только папка ~python3.8. Предполагаю, что так на любом rpm дистрибутиве.
dist-packages и вовсе отсутствуют, при установке пакетов всё идёт в site-packages дистр не зависим от установленных пакетов, что не может не радовать.
Сочетая с pyenv, получаем чистую систему. Могут быть траблы с flatpak из-за песочницы, но если умеешь, можно подредактировать что нужно. Red Hat это топ, но и порог вхождения в каких-то деталях выше. Вспоминая количество проблем на Ubuntu/Debian (как итог Kali) - это по мне самый лучший выбор, да ещё и дружелюбный для пользователя.