Чаще всего возникает конфликт при копировании фич из слоя в слой или при слиянии слоев, когда возникают фичи с одинаковым полем fid.
Тогда это поле нужно или удалять или перезаписывать. Иначе выдает ошибку сохранения, и не предупреждает в чем именно ошибка.
Эт точно, на днях столкнулся с такой бедой. Объединил два слоя в виртуальный, при сохранении вылетала неизвестная ошибка. Благо полей и объектов было мало, сразу заметил одинаковые fid, поправил и все удачно сохранилось.
Кстати, не нашел как в калькуляторе полей генерить порядковые значения для fid...