это почему, разве у шейп-файлов такой ужасный индекс? Там что-то отличное от дерева bbox-ов?

Не подскажете инструкцию по поиску некорректных геометрий и их исправлению?

К сожалению не вспомню.
Формат прекрасен и невероятно перспективен, уже не помню точную проблему, но она была, и не одна.
Надеюсь, что разберусь в будущем)

Быстрый путь - инструмент "исправить геометрии" в qgis 3.  Он полностью автоматически отрабатывает, но что в итоге сделает - это кот в мешке отчасти. Также есть модуль geometry checker.

Просто найти и посмотреть на ошибки геометрии можно через штатный модуль "проверка топологии", он есть в любой версии

Инструментарий для работы и исправления любых феерических ошибок с геометриями и топологией - он есть. Просто бОльшая его часть существует в виде каких-то программных библиотек. На Java  - просто тонны всего, как, впрочем, и в мире C++ или питона. Во всякие QGIS в пользовательский интерфейс попадает небольшая часть..  и в виде черного ящика.  Я частенько прибегал к использованию низкоуровневых конструкций библиотеки JTS (GEOS  - клон/порт JTS в мире С++ для QGIS и PG), чтобы всякую муть вычистить, где ГИСы сдаются на дефолтовом выполнении..  Но это по-сути низкоуровневое программирование в потрохах алгоритмов из мира Computational Geometry, которое нельзя посоветовать как рецепт всем.  Сама ситуация -  знакомая до боли.    Полагаю, что большую часть ошибок можно было вы вычистить скриптом в 200 строк кода на Java + GeoTools +JTS или  каком-нибудь питоне, обработав простой логикой геометрии,  прочитав SHP и записав корректный.

Давно пробовали решения в ГИС пакетах? Есть вполне функциональные и глубоко настраиваемые инструменты. Например v.clean, или тот же geometry checker

работаю с кейсами, где никакие ГИСы не помогут. плюс автоматизация под контекст, задачи и интеграцию

что, нужно держать человека, который будет в ГИС вручную делать на потоке? Мне проще  достать кусок JTS и чего-нибудь заскриптовать

хотя развязка разных топологических ошибок  - часто только вручную  и в ГИС, да

Понятно, хорошо. Просто важно обозначить, что есть работающие и качественные инструменты для более массового сегмента пользователей.

видимо не всегда работают, раз есть вопросы и "падения" инструментов

Нет вещей в мире программного обеспечения, которые работают "всегда" :)

массовые пользователи - для них и стараемся

потихоньку черные ящики превращать в продвинутые интерфейсы

мой пример , естественно, нишевый, не "пользовательский", согласен

Я постгис использовал , наверное с версии 1.0.  В курсе, если что, что там можно и нельзя :)

Но это же такой же черный ящик. Что-то зафейлилось, не залезешь в БД подкрутить

я и написал, что есть в каком месте писать код. Все то же самое что и в БД

Можно и на ассемблере.  Конкретная технология - это выбор  каждого.

ну я тоже не большой фанат этого дела 😂