Я для себя решил, что флеш можно там и оставить, но создать "Транзакцию" и в ней дополнительно оборачивать в транзакцию БД + коммит когда нужно.
Но в таком случае нужно не забывать юзать транзакцию. Точно так же не забывать, как и запуск флеша, когда em->flush нет внутри cud-метода.