Подскажите, не могу понять проблему на уровне кода, у агрегата Company есть колекция Employee, у Company есть метод changeEmployeeName($Id, $name), для того что бы поменять имя конкретному employ надо выгрузить их всех в память ??
можешь метод в репо написать, вытянуть только объект Employee и работать только с ним, если через коневой агрегат - то да, весь объект со всеми связями от корня к требуемому