выноси этот код с HAL_TIM_PWM_ConfigChannel в функцию pwm_setvalue
в main пиши
unsigned int duty = 0;
while(duty < 16) {
pwm_setvalue(duty++);
HAL_Delay(100);
}
объяснение: пока duty меньше 16, оно будет увеличиваться на 1 каждые 100 мс (начиная с 0), в итоге за 1.6 с достигнет 16 и выполнение пойдёт дальше.