Анивей, вебпак так не работает как вы себе представляете. Попробуйте или другой инструмент сборки, или поищите узкие места где можно сократить время сборки. По максимуму юзайте dll плагин там, замените Бабель на что-нибудь типа es-build
как я понял из копаний, вебпак мало что делает сам, лишь компилит, остальное решается с помощью хуков. Тот же SplitChunksPlugin перестраивает этот граф после компилации как ему пожелается, насколько я понимаю, нет?