Если бы у меня было 3 недели, я бы прилёту в Токио сразу улетел в кагосиму на Кюсю. Оттуда на север поездами и обратно самолёт в Токио на возврат. Jr pass можно либо на все 3 недели либо на первую и третью, а в середине отдыхать без длинных поездок
У JRPass я так понял, что скидка, если брать подряд две недели. Три как-то уже совсем крутовато. Причём скидка существенная, вот смотрю на сайте HIS (17762 за неделю или 28305 за две недели, а на двоих тут тем более ощутимая разница), поэтому и приходится планировать так, чтобы две недели поездами ездить. Поэтому самолёт вот думаю или с самого начала сделать и потом активировать JRPass или уже в конце, как он закончится.
Кюсю это юг. Лучше ехать на юг чем на север?